L'organisation du système logistique fait intervenir des décisions qui, pour certaines, sont d'ordre stratégique et ont une influence sur l'organisation de la production et les structures de distribution, tandis que d'autres relèvent de tendances dans les modes de distribution des marchandises, et peuvent être qualifiées d'opérationnelles (cadencement des envois par exemple). Ces décisions font intervenir différents arbitrages entre coûts, liés à la production, au stockage et au transport, ainsi qu'à la qualité de service souhaitée.
Du point de vue du donneur d'ordre, qu'il s'agisse d'un industriel ou d'un distributeur, ses décisions affectent l'organisation de ses flux de marchandises dans le réseau de distribution, en le conduisant à déterminer notamment :
- le degré de centralisation de la structure de distribution, avec le nombre de niveaux de distribution dans le réseau;
- le nombre, la situation géographique et la fonction des centres de distribution à chaque niveau de distribution;
- la taille et la fréquence des envois.
Pour un industriel, le système logistique prend également en compte les choix du système de production, qui auront aussi une incidence sur les flux de marchandises avec :
- le nombre et la localisation des sites de production ;
- la spécialisation éventuelle des sites par produit.
Naturellement, les arbitrages du système logistique conduisent aussi à réaliser d'autres choix telle la sous-traitance de certaines opérations logistiques (transport, manutention, entreposage, etc.).
L'ensemble de ces décisions vont ainsi avoir une incidence sur les distances moyennes de transport, le nombre des relations de transport, la taille des envois, les niveaux de stocks, ainsi que sur la distance totale de transport et les opportunités de massification des flux de transport. Elles vont ainsi influer différemment sur les coûts de transport et de stockage ; il s'agit de la notion essentielle d'arbitrage qui a été mise en avant dans les systèmes logistiques avec le modèle EOQ (Economic Order Quantity), dont le principe et ses développements sont présentés ci-après.
Une vaste majorité des modèles actuels s'intéressant à l'organisation logistique sont des modèles d'optimisation basés sur le principe EOQ. A l'origine, ce dernier consistait à déterminer la quantité optimale de commande permettant de minimiser la somme du coût de processus de commande et du coût de stockage. Il a ainsi introduit la notion de l'optimum du coût logistique total. Le coût du processus de commande tient compte aussi bien des coûts liés à la facturation, que d'une éventuelle adaptation des moyens de production à la commande (notion de série de production lorsqu'une unité fabrique plusieurs produits).
Soit une firme achetant une quantité q de biens sur une période de temps donnée, à un prix unitaire p, le coût du processus de commande étant s, et i le coût de stockage exprimé proportionnellement à la valeur du produit, le modèle EOQ donne l'équation suivante pour les coûts logistiques :